Po powrocie ze stażu w 1998 r. został zatrudniony w Katedrze Chemii Fizycznej PG. Współpracował też z Katedrą Chemii Analitycznej, dla której – jeszcze przed przystąpieniem Polski do EU – wnioskował o granty europejskie, w związku z czym został wicedyrektorem Centrum Doskonałości Analityki i Monitoringu Środowiska (CEEAM, 5. PR). Uczestniczył także w programie ELME (6. PR) poświęconym ochronie mórz Europy. Przez 14 lat pełnił obowiązki pełnomocnika dziekana ds. programu Socrates i ERASMUS w jego kolejnych wersjach. Obecnie prodziekan Wydziału Chemicznego PG ds. organizacji studiów (kadencja 2012–2016 i bieżąca).
Aktywność naukowa skupia się na elektrochemii stosowanej i budowie aparatury pomiarowej, wdrożeniach oraz ekspertyzach, a także ochronie środowiska, elektroanalizie, automatyzacji i komputeryzacji procesów pomiarowych. Dorobek publikacyjny dr Chrzanowskiego obejmuje niemal 300 pozycji, w tym ponad 30 artykułów w czasopismach naukowych z bazy JCR, współredakcję kilku książek, współautorstwo 3 skryptów akademickich, 1 rozdziału w książce oraz 14 patentów i wzorów użytkowych. Recenzent w postępowaniach doktorskich i habilitacyjnych. Kierownik grantu KBN. Publikacje Wojciecha Chrzanowskiego uzyskały prawie 1000 (966–999, zależnie od bazy) cytowań (indeks Hirscha 15), współtworzy także indeks Hirscha PG.