Do zadań Dyrekcji należało: sprawowanie nadzoru nad czynnościami podległych urzędów celnych i organów Straży Celnej, wykonywanie budżetu państwa, w ramach posiadanych kompetencji, orzekanie w I instancji w sprawach niezastrzeżonych Ministerstwu Skarbu i nie należących do zakresu działania urzędów celnych i organów Straży Celnej, orzekanie w II i ostatniej instancji w sprawach należących do zakresu działania podległych urzędów celnych i organów Straży Celnej, załatwianie spraw celnych i ochrony granic w zakresie przewidzianym dla władz celnych II instancji przez przepisy celne, rozpatrywanie spraw osobowych urzędników i niższych funkcjonariuszy celnych oraz Straż Celnej, a także spraw administracyjnych w zakresie przewidzianym dla administracyjnych władz skarbowych II instancji (Izby Skarbowych).
W skład Dyrekcji Ceł „Warszawa” wchodziły cztery wydziały: administracyjny, postępowania celnego, rachunkowości i kontroli fachowej. Za sprawy służby granicznej odpowiedzialny był wydział administracyjny, a za sprawy postępowania celnego wydział celny. Do 1927 roku dyrekcja posiadała kompetencje nadzoru ochrony polskiej granicy państwowej przez jednostki Straży Celnej na terenie byłego zaboru rosyjskiego.