W połowie 1919 Ministerstwo Spraw Wojskowych i Inspektorat Wojskowej Straży Granicznej podjęły przygotowania do przejęcia Pomorza Gdańskiego. W związku z tym zaplanowano też przesunięcia na innych odcinkach granicy. 3 pułk Wojskowej Straży Granicznej miał ochraniać granicę od Mławy do styku granicy Wolnego Miasta Gdańska.
Na dzień 1 stycznia 1920 pułk liczył 46 oficerów, 96 podoficerów, 1370 szeregowców, 192 konie wierzchowe, 56 koni taborowych, 2013 karabinów i 7 karabinów maszynowych. 24 stycznia 1920 3 pułk WSG pełniący służbę na granicy północnej z Prusami Wschodnimi otrzymał rozkaz, aby z dniem 1 lutego zwinął swe pododdziały i skupił je w następujących miejscowościach: dowództwo pułku wraz ze szwadronem szkolnym w Ciechanowie, 1 dywizjon w Mławie, dowództwo 2 dywizjonu oraz 7 i 8 szwadrony w Rypinie, 5 i 6 szwadrony w Zieluniu. W tej postaci wszedł w podporządkowanie dowódcy Frontu Pomorskiego i stanowił jego odwód w czasie przejmowania Pomorza Gdańskiego. Potem pułk został skierowany do obsadzenia granicy z Prusami Wschodnimi na odcinku od Napierek do styku granic Wolnego Miasta Gdańska, Prus Wschodnich i Polski. Dowództwo pułku wraz ze szwadronem szkolnym oraz dowództwem 2 dywizjonu przeniesiono do Grudziądza, a dowództwo 1 dywizjonu do Grodziczna.