Rozwój firmy zahamował wybuch drugiej wojny światowej. 3 maja 1940 r. drukarnia została przejęta przez okupanta, przy czym część jej wyposażenia zniszczono, a część włączono do uruchomionej w Suwałkach w 1941 r. drukarni niemieckiej. Dargielowa przeniosła się na ulicę Chłodną, gdzie sprzedawała materiały piśmienne (stare zapasy ze sklepu). W 1942 r. uzyskała zgodę władz niemieckich na wyjazd do KrakowaW Krakowie przebywała najstarsza córka Dargielowej – Irena oraz młodsza – Krystyna, zob. tekst Z. Filipowicza, Z dziejów suwalskiego drukarstwa, s. 17., w drodze miała jej towarzyszyć najmłodsza Bożenna.
Po zakończeniu wojny Dargielowa wraz z Bożenną wróciły do Suwałk, podjęły też bezowocne starania o odszkodowanie i odzyskanie wyposażenia drukarni. Otworzyły również sklep materiałów piśmiennychZ. Filipowicz, Właścicielka drukarni, [w: ] Biografie suwalskie. T. 5, red. M. Pawłowska, Suwałki 2002, s. 28., który jednak niebawem został sprzedany i w połowie 1946 r. Klotylda wróciła do Krakowa
W 1948 r. przeniosła się do Warszawy, gdzie zajmowała się gospodarstwem domowym, natomiast córki – Bożenna i Krystyna pracowały i studiowały. Wreszcie w 1954 r. zamieszkała z Bożenną i jej rodziną. Zmarła 25 sierpnia 1955 r. na atak serca.