W czasach socjalistycznej Jugosławii muzułmanie z Kosowa wchodzili w skład Islamskiej Wspólnoty Wyznaniowej Jugosławii, z siedzibą w Sarajewie. W 1993 Islamska Wspólnota Kosowa zadeklarowała swoją niezależność. Statut wspólnoty określił sposób wyboru Wielkiego Muftiego przez ciało złożone z 27 przedstawicieli wspólnoty. Wspólnota sprawowała nadzór nad 660 obiektami religijnymi. Zaplecze intelektualne wspólnoty stanowił Wydział Studiów Islamskich, działający od 1992 w Prisztinie oraz medresa Alauddin.
W czasie wojny domowej w Kosowie w 1999 zostało zniszczonych 218 spośród 540 meczetów działających w Kosowie, w ramach działań zmierzających do usunięcia śladów kultury osmańskiej. W odpowiedzi radykalni muzułmanie albańscy zniszczyli kilkadziesiąt świątyń chrześcijańskich w Kosowie. Dopiero w sierpniu 1999 zaprzestano takich działań.