Dopiero w 1999 klub został reaktywowany jako Pärnu JK Vaprus. W 2000 klub startował w III Liiga, w której zdobył zwycięstwo. 2003 okazał się trudny dla klubu finansowo, dlatego połączył się z kilkoma lokalnymi klubami, w tym z Pärnu Levadia zmieniając nazwę na Pärnu JK Vaprus-Levadia. W 2004 zajął pierwsze miejsce w II Liiga i awansował do Esiliiga. Klub przywrócił nazwę Pärnu JK Vaprus. W 2005 ponownie był pierwszym w Esiliiga i zdobył promocję do najwyższej lidze Mistrzostw Estonii, w której występował w 2006 (7.miejsce) i 2007 (8.miejsce). W 2008 zajął ostatnie 10.miejsce, ale tak jak Tallinna FC TVMK zrezygnował z występów w lidze, to klub otrzymał możliwość gry w barażach o utrzymanie w lidze, jednak przegrał z Paide Linnameeskond. Od 2009 rywalizował w Esiliiga. Na początku 2011 odbyła się fuzja klubów Vaprus, Pärnu JK i Pärnu Kalev, w wyniku czego powstał Pärnu Linnameeskond.