7 października 1916 roku UB-46 został przeniesiony do służby na Morzu Czarnym i przydzielony do ().
Okręt odbył łącznie pięć patroli, w czasie których zatopił 4 statki o łącznej pojemności BRT. Pierwszym z nich był japoński parowiec „Kohina Maru” o pojemności BRT. Statek był zbudowany w 1884 roku w stoczni Harland & Wolff w Belfaście. Płynął z Bizerta w Tunezji do Port Saidu. Został storpedowany i zatopiony w dniu 2 sierpnia 1916 roku u wejścia do portu w Aleksandrii. Statek należał do 1905 roku do japońskiego armatora Nakamura S. z Kobe. 9 sierpnia u wybrzeży Egiptu UB-46 zatopił grecki żaglowiec „Basileios” o pojemności BRT.
9 października 12 mil na południowy wschód od wyspy Skyros UB-46 storpedował i zatopił brytyjski transportowiec „Huntsfall” o pojemności BRT. Zbudowany w 1906 roku w Swan, Hunter & Wigham Richardson Ltd. w Newcastle statek należący do The Moorgate Investment & Agency Co. Ltd. z Londynu płynął z ładunkiem siana z Port-Saint-Louis-du-Rhône do Salonik. Nikt z załogi nie zginął, ale kapitan statku został wzięty do niewoli. Miesiąc po przydzieleniu okrętu do Flotylli Konstantynopol, UB-46 zatopił ostatni statek w swojej historii.