W latach 1997–2001 już jako dyrektor kierował zamkniętą spółką akcyjną Krajowej Kompanii Transportu Nafty „KazTransOil”. W 2001 roku dokonano fuzji Kazakhoil i KazTransOil, przez co powstała spółka akcyjna KazMunayGas, w której Timur Kulibajew do 2005 roku pracował jako wicedyrektor.
W 2005 roku zatrudniono Timura Kulibajewa jako doradcę Prezydenta Republiki Kazachstanu, którym oficjalnie pozostał do 2013 roku. Wtedy również mianowano go prezesem Stowarzyszenia Kazenergy, którym jest do dzisiaj. W międzyczasie, w latach 2006–2007, zasiadał jako wiceprezes zarządu Kazachskiej Kompanii Holdingowej na Rzecz Zarządzania Własnością Państwową „Samruk”. W 2007 roku kompanię przekształcono w państwowym funduszu majątkowym działający w formie spółki akcyjnej i zmieniono nazwę na „Samruk-Kazyna”. Tam, do 2011 roku Timur Kulibajew zajmował takie samo stanowisko, co w Samruk.
W 2008 roku powołany na przewodniczącego Kazachskiego Komitetu Krajowego działającego przy World Petroleum Council, którym pozostaje do dziś. W latach 2011–2014 był prezesem zarządu Krajowej Izby Ekonomicznej Atameken (Związek Atameken). Timur Kulibajew jest również zaangażowany w kilka organizacji sportowych.