Cytat: „No counsel appeared for the prisoner”..
Aikenhead był ostatnim człowiekiem w Wielkiej Brytanii straconym za bluźnierstwo. Ostateczna decyzja w kwestii wykonania wyroku zależała od opinii Zgromadzenia Ogólnego chrześcijańskiego Kościoła Szkocji, które kategorycznie zażądało pilnego wykonania wyroku (ang. vigorous execution). Proces rozpoczął się w grudniu 1696, a zakończył egzekucją 8 stycznia 1697 na Grassmarket w Edynburgu. Było to 85 lat po śmierci ostatniego człowieka spalonego na stosie za herezję w Wielkiej Brytanii – Edwarda Wightmana (1612).
Odbiór społeczny wyroku Skazanie Aikenheada jest postrzegane jako przykład prześladowczych tendencji państw wyznaniowych, a on sam jest uważany za męczennika w obronie rozumu (ang. martyr to reason). Jego śmierć, według historyka Arthura Hermana, była „ostatnim hurra szkockich kalwińskich ajatollahów” przed nastaniem świtu wieku rozumu. Scottish Secular Society w uznaniu Thomasa, co roku przydziela nagrodę jego imienia – Aikenhead Award – za wybitne działania na rzecz świeckości. Sprawa Aikenheada stała się głośna i wzbudziła ogromne kontrowersje także poza Szkocją. John Locke był zszokowany do tego stopnia, że nagromadził rozległą dokumentację związaną ze sprawą.