Służba w Cesarsko-Królewskiej Marynarce Wojennej 21 czerwca 1917 roku UB-47 oraz siostrzana jednostka UB-43 zostały sprzedane Kaiserliche und Königliche Kriegsmarine. SM UB-47 w służbie austro-węgierskiej został przemianowany na U-47 i operował na Morzu Śródziemnym oraz Adriatyku. W czasie służby w Cesarsko-Królewskiej Marynarce Wojennej okręt zatopił dwa statki o łącznej pojemności BRT oraz jeden okręt o wyporności ton. Pierwszym dowódcą jednostki w służbie w Cesarsko-Królewskiej Marynarce Wojennej został mianowany Linienschiffsleutnant Otto Molitor. Pod jego dowództwem U-47 zatopił francuski parowiec „Mica” ( BRT). Statek płynął z Sajgonu do Aleksandrii, a następnie do Marsylii z ładunkiem ryżu. 12 stycznia 1918 roku został storpedowany 7 mil na zachód od Milos. W wyniku ataku śmierć poniosło 6 marynarzy. 4 kwietnia 1918 roku nowym dowódcą U-47 został Linienschiffsleutnant Reichsfreiherr Hugo von Seyffertitz, który dowodził okrętem do 30 października 1918 roku.