W 2001 otrzymał tytuł doktora honoris causa Akademii Rolniczej we Wrocławiu.
Udział w organizacji nauki Profesor Stanisław Przestalski przez wiele lat był członkiem Centralnej Komisji do spraw Stopni i Tytułów. Poza macierzystą uczelnią pracował we Wszechnicy Mazurskiej, a także w Polskiej Akademii Nauk. Był członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności od 1994 i wiceprzewodniczącym Komisji Przyrodniczo-Medycznej PAU we Wrocławiu. Był członkiem komitetów redakcyjnych czasopism naukowych, a także wielu komitetów i komisji PAN, członkiem honorowym Komitetu Agrofizyki i Komitetu Cytobiologii, przewodniczącym Komisji Chemii, Fizyki i Techniki w Biologii Wrocławskiego Oddziału PAN. Był również członkiem honorowym Polskiego Towarzystwa Biofizycznego oraz Polskiego Towarzystwa Biologii Komórki.
Przez 25 lat organizował znane w świecie Międzynarodowe Szkoły „Biophysics of Membrane Transport”, poświęcone badaniom błon biologicznych.