Skamieniałości wydobyte z margla nie zostały opisane aż do 1999. Paleontolodzy określali je po prostu jako „rauisuchid” lub „Kupferzellia”. W 1999 paleontolog David J. Gower opisał holotyp (SMNS 52970) z 1977, będącym największym okazem tego rodzaju, zawierające niekompletną czaszkę i materiał pozaczaszkowy. Anatomia puszki mózgowej (SMNS 80260) opracowana została 3 lata później, rzucając światło na pokrewieństwa ewolucyjne słabo poznanej grupy rauizuchów. W 2009 Gower i Rainer R. Schoch donieśli o pierwszej drobiazgowej rekonstrukcji szkieletu pozaczaszkowego.
Systematyka thumb|Fragmenty szkieletu w Museum am Löwentor, Stuttgart Batrachotomus należał do Prestosuchidae, rodziny mięsożernych archozaurów należących do większej grupy rauizuchów. Rodzinę Prestosuchidae stworzył w 1966 amerykański paleontolog Alfred Romer. Prestosuchidae były czworonożnymi gadami wielkości średniej do dużej. Cechowały się postawą wyprostowaną, dużą i wąską czaszką z dużymi otworami przedoczodołowymi.