Wkrótce Herat został ponownie zajęty przez Babura.

Kiedy Babur zmarł w marcu 1457 roku, wybuchła walka o władzę pomiędzy jego 11-letnim synem Szahem Mahmudem (1457), a synem Ala ad-Dauli Sultanem Ibrahimem (1457–1458). Gouharszad wraz z grupą emirów, w skład której wchodzili członkowie jej rodziny, próbowała mediacji pomiędzy rywalizującymi ze sobą książętami. To jednak zagrażało pozycji emira Szir Hadżdżiego, który sprawował faktyczną władzę za plecami małoletniego Szaha Mahmuda. Ponadto podejrzewano, że w rzeczywistości Gouharszad sprzyja Sultanowi Ibrahimowi. W tej sytuacji Szir Hadżdżi zabił większość emirów z rodziny Gouharszad znajdujących się w Heracie i uwięził ją samą. Jednak kiedy Sultan Ibrahim pojawił się ze swoimi siłami, Szir Hadżdżi uciekł z miasta wraz z Szahem Mahmudem. Gouharszad postawiła na czele obrony miasta Kutb ad-Dina Ahmada Imamiego, który poddał się Sultanowi Ibrahimowi bez stawiania oporu 31 maja 1457 roku. Już w lipcu Sultan Ibrahim wycofał się z Heratu na wieść o zbliżającej się armii władcy Mawarannahru Abu Sa’ida (1451–1469), który wkroczył do miasta 19 lipca 1457 roku. Początkowo Abu Sa’id odnosił się do Gouharszad z szacunkiem, jednak szybko zaczął podejrzewać, że nadal utrzymuje ona kontakty z Sultanem Ibrahimem.