Przejście graniczne Kraków-Balice powstało 1967, wraz z momentem otwarcia międzynarodowych połączeń lotniczych, kiedy to lotnisko uzyskało status międzynarodowego portu lotniczego, w którym dopuszczony był ruch osobowy i towarowy. Otwarte było tylko w czasie odprawy przed startem i po lądowaniu statków powietrznych w lotach regularnych i czarterowychZarządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych z 6 sierpnia 1975 w sprawie przejść granicznych przeznaczonych dla ruchu granicznego ()., a następnie zostało zmienione jako przejście graniczne lotnicze ogólnodostępneZarządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych z 11 czerwca 1991 w sprawie ogłoszenia przejść granicznych, rodzaju ruchu dozwolonego przez te przejścia oraz czasu ich otwarcia ().. Wyposażone jest m.in. w bramki biometryczne, nazywane też bramkami ABC (Automated Border Control), to urządzenia pozwalające pasażerom na samodzielną odprawę graniczną na lotniskach.
Odprawę graniczną osób, towarów i statków powietrznych do 15 maja 1991 wykonywały Wojska Ochrony Pogranicza, a od 16 maja 1991 organa Straży Granicznej. Początkowo wykonywała to Graniczna Placówka Kontrolna w Krakowie-Balicach, a od 24 sierpnia 2005 Placówka Straży Granicznej w Krakowie-Balicach. Natomiast odprawę celną wykonują organa Służby Celnej, tj.