W sezonie 1943/44 startował w eliminacjach Venezia Giulia w Campionato Alta Italia, ale po zajęciu ostatniego 8.miejsca w grupie nie zakwalifikował się do półfinałów rozgrywek o mistrzostwo Włoch. Po roku przerwy związanej z działaniami wojskowymi na terenie Włoch podczas II wojny światowej w sezonie 1945/46 ponownie grał w Serie C. Po wojnie Triest stał się zarzewiem konfliktu między Włochami a Jugosławią. W 1946 roku klub przyjmuje ofertę Jugosłowiańskiego Związku Piłki Nożnej, który zakwalifikował klub Amatori Ponziana do Pierwszej Ligi, ale nadal utrzymuje członkostwa w F.I.G.C., pod egidą której w Serie C występowała drużyna rezerw. W sezonie 1946/47 w jugosłowiańskiej pierwszej lidze klub zajął spadkowe 11.miejsce, ale z powodów politycznych utrzymał się w niej, a zespół rezerw we włoskiej Serie C zajął 15.miejsce w grupie I. W następnym sezonie 1947/48 klub zajął 7.miejsce w Prva Liga oraz 3.miejsce w grupie I. W 1948 nastąpiła reorganizacja systemu lig we Włoszech i klub został zdegradowany do czwartej klasy. W sezonie 1948/49 w jugosłowiańskiej lidze klub zajął ostatnie 10.miejsce i spadł do drugiej ligi, a we włoskiej był trzecim w grupie F Lega Nord di Promozione.