Sezon 1968/1969 był dla Motoru Lublin 2. sezonem na drugim szczeblu ligowym. W trzydziestu rozegranych spotkaniach, Motor zdobył 29 punktów i zajął 9. miejsce w tabeli. Trenerami zespołu w rundzie jesiennej byli: Marian Szymczyk, następnie Jerzy Chrzanowski. W rundzie wiosennej drużynę prowadził Władysław Giergiel.
Przebieg sezonu W przerwie letniej zespół przebywał na obozie przygotowawczym na Wołyniu, gdzie rozegrał dwa mecze towarzyskie: z Szachtarem Nowowołyńsk (3:2) i Torpedo Łuck. Następnie piłkarze i sztab szkoleniowy wyjechali na zgrupowanie do Węgierskiej Górki, gdzie rozegrali sparing z I-ligową Stalą Rzeszów, remisując 2:2, dzięki bramkom Sokołowskiego i Nielipiuka. Ponadto Motor sparował z Koszarawą Żywiec (1:0) i BKS-em Bielsko (3:1). Do drużyny w tym okresie przybył Jerzy Sułkowski z Avii Świdnik, a we wrześniu Maciej Famulski.
Sezon Motor rozpoczął od dwóch wygranych i był wówczas liderem rozgrywek. We wrześniu zespół przegrał pięć meczów i jeden zremisował, a po wyjazdowej porażce z Górnikiem Wałbrzych spadł na przedostatnie miejsce w tabeli. Po meczu w Wałbrzychu, 2 października zwolniono z funkcji trenera Mariana Szymczyka, a w jego miejsce zaangażowano do końca 1968 roku Jerzego Chrzanowskiego. Ostatecznie rundę jesienną Motor zakończył na spadkowym 13.