Po II wojnie światowej władze sowieckie nie raz próbowały zamknąć kościół. Proboszcz ks. Michał Szałkiewicz został skazany przez władze radzieckie na 10 lat zesłania na Syberii. Wrócił do parafii w 1956 r., jednak po roku musiał wyjechać do Polski.
Na początku z ludźmi modlił się organista, lecz w 1961 r. kościół został zamknięty, a w 1968 r. parafia została wykreślona z rejestru. Budynek miał zostać rozebrany, lecz sprzeciwili się temu parafianie. Pomimo tego, znajdował się w nim Najświętszy Sakrament, a wierni przybywali na odpust 2 lipca i modlili się przed kościołem. W 1978 roku zorganizowano w parafii strajk. Ludzie nie poszli pracować do kołchozu przez 3 dni, domagając się od władz państwowych, aby oddano klucze do świątyni. Została ona otwarta w 1975 r., a w 1988 r. parafia trokielska została ponownie zarejestrowana.
W 1992 r. zaczęły przybywać pierwsze zorganizowane pielgrzymki, a w 1995 r. pielgrzymki piesze.
W 1994 r. kościół otrzymał status sanktuarium diecezji grodzieńskiej, a bp Aleksander Kaszkiewicz nadał świętu cudownego obrazu Matki Bożej Trokielskiej, charakter uroczystości diecezjalnej.
W 2009 roku do parafii należało 1800 osób, głównie Polaków.