W roku 1525 nowo powstałe świeckie Prusy Książęce podzielono administracyjnie na trzy okręgi: górnopruski (Oberland), sambijski i (Samland) i natangijski (Natangen). Dwa ostatnie obejmowały dawne komturie Prus Dolnych. Podział ten przetrwał do reformy Fryderyka II w 1752, gdy powstały powiaty (Kreis): pokarmiński (Brandenburg), rastemborski (Rastemburg), szakeński (Schaken), tapiewski (Tapiau), wystrućcki (Insterburg), szestnowski (Sehesten) i olecki (Oletzko)Max Toeppen, Atlas zur historisch-comparativen Geographie von Preussen, 1858.
W roku 1772 Prusy Dolne znalazły się w prowincji Prusy Wschodnie, która w 1808 została podzielona na rejencję królewiecką i rejencję gąbinską. Ta ostatnia objęła Litwę pruską i wschodnią część Mazur.
W ramach reformy administracyjnej 1 lutego 1818 powstały mniejsze powiaty (Landkreis): Gąbin, Szyłokarczma, Wystruć, Jańsbork, Kłajpeda, Olecko, Ryn, Stołupiany i Tylża (w rejencji gąbińskiej) oraz Iława Pruska, Rybaki, Bartoszyce, Gierdawy, Święta Siekierka, Królewiec miasto, Królewiec ziemski, Labiawa, Rastembork i Welawa (w rejencji królewieckiej, nie licząc powiatów z Warmii i Prus Górnych).