Od 30 marca 2008, kiedy to na granicach lotniczych wprowadzono do praktycznej realizacji zasady Schengen. Funkcjonariusze Straży Granicznej zaprzestali prowadzenia odprawy granicznej osób korzystających z komunikacji lotniczej w obrębie strefy Schengen. Funkcjonariusze w dalszym ciągu prowadzą kontrolę graniczną pasażerów lecących poza obszar Schengen oraz wykonują kontrolę bezpieczeństwa w komunikacji lotniczej, w lotniczym przejściu granicznym Kraków-Balice.
W związku ze zmianami organizacyjnymi w Straży Granicznej, 1 lipca 2013 PSG w Krakowie-Balicach weszła w struktury organizacyjne Śląsko-Małopolskiego Oddziału Straży Granicznej w Raciborzu i tak funkcjonowała do 31 sierpnia 2016, kiedy to 1 września 2016, weszła ponownie w podporządkowanie Karpackiego Oddziału Straży Granicznej.
Zasięg terytorialny Stan z 1 grudnia 2025: Poza strefą nadgraniczną: Międzynarodowy Port Lotniczy Kraków Airport im. Jana Pawła II w Balicach Przejście graniczne Kraków-Balice (lotnicze). thumb|Międzynarodowy Port Lotniczy im.