Baszty nie były rozmieszczone regularnie, jak to bywało w miastach krzyżackich, lecz zagęszczone w zależności od możliwości obronnych odcinka murów.
Początkowo miejskie mury miały chronić Olsztyn przed najazdami Litwinów, którzy w XIV wieku zapuszczali się na tereny południowej Warmii poprzez puszczę galindzką (1354, 1356). W wieku XV miasto było kilkukrotnie oblegane w trakcie wojen polsko-krzyżackich. Zwłaszcza dotkliwych zniszczeń doznało w czasie wojny głodowej (1414), trzynastoletniej (1454-1466) oraz popiej (1478). Po tych doświadczeniach, pod koniec XV wieku, miasto zostało wzmocnione przez mieszczan zmodernizowanym systemem obronnym, który umożliwił skuteczną obronę Olsztyna przez Mikołaja Kopernika w czasie wojny pruskiej (1521).
Od XVIII wieku zaniedbywane mury straciły swoje znaczenie obronne i były stopniowo rozbierane przez mieszkańców, a cegły i kamienie wykorzystywane w budownictwie. Jednak na wielu odcinkach do murów dobudowano drewniane tzw. „budy”, w których mieszkali biedniejsi mieszkańcy lub które służyły jako spichrze czy budynki gospodarcze. Dzięki temu do dziś przetrwało sporo odcinków średniowiecznych murów.