przejął kontrolę nad działaniami filantropijnymi, a Gates przeszedł na drugie miejsce. Chociaż Gates nigdy nie stracił swojej wiaryto zaczął zmieniać kierunek z religijnej dobroczynności na bardziej świeckie dążenia takie jak badania medyczne czy edukacja. W 1914 roku Gates zaprojektował Chińską Radę Medyczną (China Medical Board). Zamiast rozpatrywać Chiny w tradycyjnych kategoriach misyjnych jako kraj milionów pogan potrzebujących nawrócenia, Gates całą swoją wiarę skupił w nauce. Skarżył się, że misjonarze w Chinach zostali uwięzieni w niewoli tradycji i ignorancji i błędnym nastawieniu do wspierania wspólnot religijnych. Dokonali niewielu nawróceń i pogrzebali możliwość rozprzestrzeniania się zachodniej nauki. Było tam setki misji medycznych, ale łączących „cuda” zachodniej medycyny z naukami chrześcijaństwa. Zamiast skupić się na profilaktyce zdrowia nakłaniały chorych i umierających pacjentów do przyjęcia nowej wiary. Gates planował przejąć Uniwersytet Medyczny w Pekinie, gdzie mógłby przeszkalać misjonarzy. Pracując na skrzyżowaniu filantropii, imperializmu, wielkiego biznesu, religii i nauki, Chińska Rada Medyczna była jego ostatnim istotnym projektem. W 1924 roku Gates poszedł za daleko prosząc Zarząd Fundacji Rockefellera, aby zainwestować 265 milionów dolarów w Chińską Radę Medyczną.