Ferdynand II Habsburg (ur. 14 czerwca 1529 w Linz, zm. 24 stycznia 1595 w Innsbrucku) – arcyksiążę z dynastii Habsburgów, namiestnik Czech, w latach 1564–1595 książę Tyrolu.
Życiorys Ferdynand był drugim spośród czterech synów cesarza (i zarazem króla Czech i Węgier, arcyksięcia Austrii, księcia Styrii i Karyntii oraz hrabiego Tyrolu) Ferdynanda I Habsburga oraz Anny Jagiellonki, córki króla Czech i Węgier Władysława II Jagiellończyka. Jego starszym bratem był cesarz Maksymilian II Habsburg.
W 1547 r., po nieudanym buncie stanów czeskich, ojciec powierzył Ferdynandowi administrację Czech. Ten złagodził represje wobec szlachty i mieszczaństwa, odmówił także prześladowań wobec utrakwistów. Na prośbę swego stryja Karola V udał się do Niderlandów, aby przekonać swego ojca do przyjęcia korony cesarskiej. W 1556 i 1566 r. uczestniczył w wojnach przeciwko Turkom.
Jako jednemu z młodszych synów po śmierci ojca przypadł mu jako dziedzictwo Tyrol (a także szwabskie posiadłości Habsburgów), jednak faktycznie objął dziedzictwo w 1567 r., po zakończeniu pełnienia funkcji namiestnika Czech. Przeprowadził w Tyrolu reformy administracyjne, jednak ucisk podatkowy powodował sprzeciw poddanych.