W epoce nowożytnej wyspy dzieliły losy sąsiedniej Sycylii. W średniowieczu największego znaczenia nabrała wyspa Lipari, na której w wiekach XIII – XIV wybudowano zamek, przebudowany przez Hiszpanów w XVII wieku w twierdzę typu bastionowego, która strzegła wysp, pełniąc jednocześnie rolę więzienia. Opustoszało ono dopiero w roku 1860, kiedy Giuseppe Garibaldi zajął Sycylię wraz z archipelagiem Wysp Liparyjskich, które weszły w skład jednoczących się Włoch.
W 1922 roku, krótko po przejęciu władzy przez faszystów, założono w dawnej twierdzy na wyspie Lipari obóz koncentracyjny. Kierowano do niego przeciwników reżimu do czasu zdobycia wysp przez aliantów w 1943 r. W tych latach praktycznie nie było na wyspach ruchu turystycznego, z wyjątkiem okolic Stromboli.