W czerwcu 2002 Vargas objął grający na najwyższym szczebli rozgrywek klub Puebla FC. Już po trzech miesiącach został jednak zwolniony z powodu słabych wyników (jedno zwycięstwo w ośmiu meczach). W kolejnych latach pracował głównie w roli asystenta trenera – kolejno Luisa Fernando Teny w Cruz Azul (2004), Miguela Españi w Pumas UNAM (2005–2006) i Luisa Floresa w drugoligowym CD Veracruz (2009), przez pewien czas był także zatrudniony w Gwatemalskim Związku Piłki Nożnej jako koordynator reprezentacji juniorskich. W latach 2010–2011 piastował stanowisko dyrektora sportowego drugoligowego Altamira FC, a w latach 2012–2014 współpracował z José Luisem Trejo kolejno w San Luis FC i Pumas. Później asystował Enrique Lópezowi Zarzy w drugoligowym Celaya FC.
W styczniu 2017 Vargas został szkoleniowcem drugoligowej ekipy Celaya FC, lecz prowadził ją tylko przez trzy miesiące – słabe rezultaty (trzy wygrane w dwunastu spotkaniach) poskutkowały zwolnieniem go ze stanowiska.
Bibliografia
Kategoria:Reprezentanci Meksyku w piłce nożnej Kategoria:Meksykańscy trenerzy piłkarscy Kategoria:Piłkarze Pumas UNAM Kategoria:Piłkarze Cruz Azul Kategoria:Piłkarze Atlante FC Kategoria:Piłkarze Tigres UANL Kategoria:Trenerzy piłkarzy Irapuato FC Kategoria:Trenerzy piłkarzy Club Puebla Kategoria:Trenerzy piłkarzy Celaya FC Kategoria:Urodzeni w 1955 Kategoria:Ludzie urodzeni w La Piedad