Sezon 2016/2017 był dla Motoru Lublin 10. sezonem na czwartym szczeblu ligowym. W trzydziestu dwóch rozegranych spotkaniach, Motor zdobył 65 punktów i zajął 2. miejsce w tabeli grupy IV (południowo-wschodniej) III ligi. Trenerami zespołu w rundzie jesiennej byli Tomasz Złomańczuk (w pierwszym meczu) oraz Jacek Magnuszewski (w pozostałych spotkaniach), zaś w rundzie wiosennej Marcin Sasal. Najlepszym strzelcem zespołu był obrońca Artur Gieraga, zdobywca 14 bramek.
Przebieg sezonu thumb|Mecz Motor – Garbarnia Kraków rozegrany 1 kwietnia 2017 thumb|Rzut karny wykorzystany przez Artura Gieragę w meczu Motor – Unia Tarnów rozegranym 3 czerwca 2017 thumb|Orleta Radzyń Podlaski – Motor Lublin (11 czerwca 2017) W przerwie letniej piłkarze Motoru do treningów powrócili 7 lipca 2016, a pierwszy sparing zagrali dziewięć dni później z Polonią Warszawa. Do zespołu przybyli między innymi: Łukasz Zaniewski (poprzednio ŁKS 1926 Łomża), Paweł Kaczmarek (poprz. Znicz Pruszków), Yasuhiro Katō, Kamil Oziemczuk i Ivan Pecha, z którym kontrakt rozwiązano pod koniec października, odszedł Aleksander Komor do Górnika Łęczna.