Niemiecką załogę stanowili w większości pracownicy Kancelarii Führera, którzy uprzednio uczestniczyli w akcji T4, czyli eksterminacji osób chorych psychicznie i niepełnosprawnych umysłowo. W związku z oddelegowaniem do personelu akcji „Reinhardt” otrzymali oni oficerskie lub podoficerskie stopnie SS. Pod względem personalnym podlegali nadal Kancelarii, natomiast pod względem operacyjnym ich przełożonym był SS-Brigadeführer Odilo Globocnik – dowódca SS i Policji na dystrykt lubelski, a zarazem kierownik akcji „Reinhardt”. W różnych odstępach czasu w Treblince pełniło służbę 56 weteranów akcji T4.
Członkowie załogi Treblinki byli ubrani w mundury Waffen-SS i uzbrojeni w broń krótką lub pistolety maszynowe. Wyposażono ich także w pejcze.
Funkcję komendanta obozu pełnili kolejno: SS-Untersturmführer dr Irmfried Eberl – doktor nauk medycznych, z pochodzenia Austriak. Był weteranem akcji T4, podczas której kierował ośrodkami „eutanazji” w Brandenburgu i Bernburgu. Od lutego 1942 roku służył na froncie wschodnim w ramach tzw. Ostaktion, wiosną tegoż roku przeniesiono go do okupowanej Polski. Kierował obozem Treblinka II przez pierwsze dwa miesiące jego działalności. Pod koniec sierpnia 1942 roku z powodu niekompetencji został odwołany ze stanowiska. SS-Obersturmführer Franz Stangl – z zawodu policjant, z pochodzenia Austriak.