Następnie obiektami jego dziennikarskich dochodzeń były m.in.: operacja Azorian, akcje CIA w celu destabilizacji Chile pod rządami Salvadora Allende, katastrofa lotu Korean Air 007, izraelskie posiadanie broni jądrowej, powiązania saudyjskiej rodziny królewskiej z administracją George’a W. Busha, ciemna strona prywatnego życia prezydenta Johna F. Kennedy’ego, czy antyirańska działalność administracji prezydentów Busha i Obamy.
Po serii artykułów w The New Yorker, w 2004 roku opublikował książkę Chain of Command: The Road from 9/11 to Abu Ghraib, ujawniając tym samym metody śledcze stosowane wobec osadzonych w więzieniu Abu Ghurajb, a także obalając rzekomą niewiedzę ze strony rządu amerykańskiego na temat sposobu działalności owej placówki. W książce poruszył także kwestię neokonserwatywnej propagandy i rzekomego fałszu, na jakim zbudowano wojnę z terroryzmem.
W 2015 roku na łamach London Review of Books stwierdził, iż operacja Neptune Spear była z góry zaplanowana, a sam Usama ibn Ladin znajdował się od 2006 roku w pakistańskim areszcie służb specjalnych.