W czasie kampanii wrześniowej 1939 miał przydział do 7 pac. Po agresji ZSRR na Polskę w nieznanych okolicznościach został wzięty do niewoli przez Sowietów i od grudnia 1939 był przetrzymywany w obozie jenieckim w Kozielsku. 3 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa bez numeru z 2 kwietnia 1940. Między 4 a 5 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji nadzorowanych przez Niemców pod numerem 4115 – dosłownie opisany jako Balachowski Witold (raport dzienny z 7 czerwca 1943), a przy jego zwłokach odnaleziono część legitymacji na odznakę, dwa zaświadczenia wojskowe, list, kartę szczepień. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK, pod numerem 04115, wskazany jako Bałuchowski Witold.