Nie jest możliwe rozwiązanie całej przedstawionej zagadki w trakcie jednej gry – aby otrzymać „prawdziwe” zakończenie, zawierające informacje tłumaczące przedstawione wydarzenia, trzeba uprzednio zobaczyć to jedno z zakończeń, które odblokowuje dostęp do „prawdziwego” zakończenia. Niektóre z zakończeń zawierają wskazówki ułatwiające odkrycie innych zakończeń.
Fabuła W Nine Hours, Nine Persons, Nine Doors występuje dziewięcioro bohaterów, którzy są zmuszeni do udziału w grze nazwanej Nonary Game przez osobę o nieznanej tożsamości przedstawiającej się jako Zero. Bohaterowie przyjmują pseudonimy, by chronić swoje tożsamości. Głównemu bohaterowi, Junpeiowi, w tej grze towarzyszą: June, nerwowa dziewczyna i stara przyjaciółka Junpeia, której prawdziwe imię to Akane; Lotus, wyrachowana kobieta, o której umiejętnościach niewiele wiadomo; Seven, muskularny mężczyzna; Santa, punk o negatywnym nastawieniu do świata; Ace, starszy i mądry mężczyzna; Snake, ślepiec zachowujący się w sposób przypominający księcia; Clover, dziewczyna miewająca wahania nastroju;