Dostępne są 24 zakończenia, ale większość z nich jest zablokowanych do chwili, aż nie odkryje się informacji dostępnych w innych ścieżkach fabularnych. Przykładowo, w niektórych ścieżkach jest wymagane hasło, które można zdobyć jedynie na innej ścieżce.
Fabuła W Virtue’s Last Reward występuje dziewięcioro bohaterów, którzy zostali porwani przez postać o nieznanej tożsamości przedstawiającą się imieniem Zero. Poza postacią sterowaną przez gracza, Sigmą, porwani zostali: Phi, dziewczyna o bardzo poważnym nastawieniu do rzeczywistości; Dio, wulgarny i nietaktowny mężczyzna; Tenmyouji, staruszek; Quark, energiczny młody chłopak; Luna, miła i spokojna kobieta; Clover, nieprzewidywalna dziewczyna, która pojawiła się także w Nine Hours, Nine Persons, Nine Doors; Alice, władcza i zawsze skoncentrowana kobieta; K, mężczyzna ubrany w zbroję zakrywającą całe jego ciało, której nie może zdjąć. Zero III, sztuczna inteligencja sterująca przebiegiem Nonary Game, pojawia się jako generowany komputerowo królik. Uczestnicy gry przezywają królika „Zero Junior”, dla odróżnienia od człowieka-organizatora gry, którego nazywają „Zero Senior”.