W 1943 roku jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 3520, a przy zwłokach znaleziono 2 pocztówki, 1 telegram oraz 1 list. Figuruje na liście wywózkowej 015/2 z 1940, a także na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 03520.
Życie prywatne Był żonaty z Marią z Ostyk-Narbuttów, z którą miał córkę Janinę. Obie były działaczkami konspiracyjnymi w czasie II wojny światowej, a ich mieszkanie przy ul. Marszałkowskiej służyło za miejsce spotkań Komendy Głównej kolejno SZP, ZWZ i AK i było lokalem „dziennego pobytu” dwóch kolejnych komendantów ZWZ-AK.
Upamiętnienie
5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Jana Bauera upamiętniono na tablicy katyńskiej na Ścianie Pamięci kościoła Św. Stanisława w Siedlcach.
Jest jednym z kilkuset lekarzy pochowanych na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu i upamiętnia go tabliczka epitafijna nr 138.