Poddanie się Vaubois Oblężenie zbliżało się do końca. Francuski garnizon zjadł już wszystkie swoje konie, muły, oraz psy, koty i szczury w Valletcie. W końcu, 4 września 1800 roku Vaubois wysłał do brytyjskiego dowódcy, Major-Generała Henry’ego Pigota, emisariusza z białą flagą. Następnego dnia Pigot i Captain (komandor) Royal Navy George Martin, uzgodnili z generałem Vaubois i contre-amiral Villeneuve warunki poddania się (jak na ironię, Francuzi wyłączyli Alexandra Balla, jako dowódcy Maltańczyków, z negocjacji, ponieważ nie chcieli poddać się Maltańczykom). Brytyjczycy obdarzyli Vaubois i Francuzów uczciwymi warunkami i „honorami wojny”, włączając w to prawo do zachowania swojej broni i łupów. Generał Vaubois i jego żołnierze zostali szybko przetransportowani do Marsylii.
Po Malcie 27 lipca 1800 roku, jeszcze podczas trwania oblężenia, Vaubois został senatorem. W roku 1804 otrzymał tytuł Wielkiego Oficera Legii Honorowej, a w roku 1808 hrabiego Cesarstwa. W roku 1809 dowodził dywizją National Guard. W roku 1814 został parem Francji i Rycerzem Świętego Ludwika. Podczas stu dni w roku 1815, Vaubois nie poparł Napoleona.