Od Ehrenkirchen jej uregulowany przebieg zmierza na zachód ku Bad Krozingen, by tuż za ujściem lewobrzeżnego dopływu Gallenbach skierować się na północ. W okolicach Offnadingen, gdzie Möhlin wpływa na Nizinę Górnoreńską, miejscami wody rzeki po dłuższych okresach bezdeszczowych całkowicie wsiąkają w grunt, a bezwodne odcinki są różnej długości. Dalej Möhlin kieruje się na zachód i między miejscowościami Biengen i Hausen an der Möhlin łączy się ze swoim największym i przeważnie bogatszym w wodę dopływem – Neumagen, ale i on, jak większość lokalnych cieków wodnych, obniża okresowo swój poziom aż do całkowitego zaniku w wyniku opadania poziomu wód gruntowych. Od tego rejonu aż do ujścia rzeka jest całkowicie uregulowana, a jej wody częściowo ujęte w kanały wodne. Historia kanału Hausen-Breisach sięga 1. połowy XVIII w., kiedy rzekami Möhlin od St. Ulrich i Neumagen od doliny Münstertal spławiano drewno do twierdzy Breisach. Intensywne uprawy rolnicze na tym terenie Niziny Górnoreńskiej przyczyniają się do obniżania poziomu wód, tak że w trakcie lata Möhlin w dolnym biegu często zanika. Za Grezhausen Möhlin stopniowo kieruje się na północ i płynie przez las łęgowy równolegle do Renu.