Okres międzywojenny i II wojna światowa thumb|Kwestionariusz zgłoszenia Chorążyckiego jako lekarza niemieckim władzom okupacyjnym, złożony przez niego 10 września 1940 Na początku istnienia II Rzeczypospolitej prowadził praktykę jako lekarz chorób uszu gardła i nosa w Warszawie przy ulicy Marszałkowskiej 150 (1918/1919, w reklamie prasowej określony jako Julian Chorążycki junior), później przy ulicy Śniadeckich 13 (1923, wówczas także leczący choroby płuc).
Na temat losów Juliana Chorążyckiego w okresie międzywojennym wiadomo bardzo niewiele, a zachowane dane są fragmentaryczne. Dodatkową komplikacją jest fakt, że równolegle z nim w Warszawie prowadził praktykę inny otolaryngolog o tym samym nazwisku, jego krewny Borys Chorążycki. Obaj lekarze często są ze sobą myleni w powojennych publikacjach.
Nie wiadomo, kiedy Chorążycki poślubił Rozalię z Lewenfiszów, w każdym razie w wypełnionym w 1924 kwestionariuszu, przechowywanym współcześnie w Głównej Bibliotece Lekarskiej, widnieje adnotacja o niej oraz o ich córce, dwuletniej Janinie. W tym czasie Chorążycki prowadził prywatną praktykę lekarską przy ul. Śniadeckich 13 m. 4 i posiadał umowę z kasą chorych. W kolejnych latach Chorążyccy przeprowadzili się na ulicę Widok, a w latach 30. XX wieku na Nowogrodzką 31 m. 18.