Nie mniej owocny w sukcesy okazał się dla niego kolejny rok kalendarzowy; w wiosennym sezonie Apertura 2014 wywalczył drugi z rzędu tytuł mistrza Kolumbii, zajął drugie miejsce w superpucharze kraju – Superliga Colombiana, a także dotarł do finału drugiego co do ważności turnieju Ameryki Południowej – Copa Sudamericana. Znacznie rozwinął się także indywidualnie – znany z częstych rotacji trener Osorio wystawiał go zarówno na jego naturalnej pozycji prawego obrońcy, jak i na środku obrony oraz lewej stronie defensywy. Dobre występy zaowocowały powołaniem gracza do kadry narodowej.
W kwietniu 2015 Bocanegra doznał urazu więzadła krzyżowego, wobec czego musiał pauzować przez kolejne trzy miesiące. Po powrocie do składu, w sezonie Finalización 2015 zdobył z Nacional – prowadzonym już przez Reinaldo Ruedę – swoje trzecie mistrzostwo Kolumbii, ponadto ponownie zajął drugie miejsce w Superliga Colombiana. W 2016 roku skompletował potrójną koronę;