Wojna z Austrią Po wybuchu wiosną 1809 wojny z Austrią Garczyński został mianowany naczelnikiem i pełnomocnikiem Rady Stanu. Obawiając się, iż niedoświadczone wojsko nie zdoła skutecznie obronić ziem polskich przed atakiem austriackiej armii, Garczyński początkowo sprzeciwiał się zbrojeniom, nie chcąc narażać ludności na ewentualne represje. Później jednak podjął działania przeciwko ludności niemieckiej zamieszkującej tereny Kaliskiego, żądając ustanowienia specjalnych sądów dla zdrajców, a także forsował własne plany wojskowe ataku na Łęczycę lub Kraków, by odciążyć obleganą przez Austriaków Częstochowę, przez co popadł w konflikt z gen. Janem Henrykiem Dąbrowskim, dowodzącym polskimi siłami w zachodnich departamentach Księstwa.
Wizyta króla Hieronima w Kaliszu Wiosną 1812 prefekt organizował w Kaliszu niespodziewaną wizytę króla Westfalii Hieronima Bonaparte, cesarskiego brata, który przybył do miasta 13 kwietnia, wraz z całą swoją świtą, dworem i dowodzoną przez siebie dywizjąByła to kolejna wizyta Hieronima w Kaliszu. Pierwszy raz, nie będąc jeszcze królem, przybył do miasta 21 stycznia 1807 – . Nie posiadając odpowiednich funduszy, Garczyński zwrócił się o pomoc finansową do ministra spraw wewnętrznych i ministra skarbu. Niestety, prawie cały koszt kilkudniowej królewskiej wizyty (ponad 12 tys.