Kariera reprezentacyjna Reprezentując różne młodzieżowe drużyny Słowacji, został powołany do seniorskiej kadry na mecze przeciwko Litwie i Austrii. 15 listopada 2016 roku zadebiutował w tym drugim towarzyskim meczu, grając obok Matúša Bero i Alberta Rusnáka.
Później Lobotka wielokrotnie otrzymywał powołania na różne spotkania, jednak swój debiut w oficjalnym meczu rozegrał dopiero 1 września 2017 roku, występując w pełnym wymiarze czasu w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2018 przeciwko reprezentacji Słowenii.
4 września 2017 roku Lobotka strzelił swojego pierwszego gola dla seniorskiej reprezentacji Słowacji, stając się pierwszym zawodnikiem, który zdobył bramkę na Wembley w meczu eliminacyjnym przeciwko reprezentacji Anglii.
Zdobył gola po tym, jak odebrał piłkę Marcusowi Rashfordowi, wymienił podanie z Adamem Nemcem i pokonał Joe Harta w 3. minucie meczu. Jednak Słowacja przegrała ten mecz 1-2 po golach Erica Diera i Rashforda.
Został powołany na Mistrzostwa Europy 2020 (odbywające się w 2021 roku z powodu pandemii Covid-19), do 26-osobowego składu reprezentacji Słowacji.
Wystąpił tylko w jednym spotkaniu na turnieju, przeciwko reprezentacji Hiszpanii. Lobotka wszedł z ławki w 46 mincuie za Jakuba Hromada.