Równolegle angażował się w konspiracji politycznej (pod pseudonimem Romuald Poczapowski) w Departamencie Oświaty i Kultury Delegatury Rządu na Kraj. Zaangażowany był także w Wydziale Bezpieczeństwa i Kontrwywiadu Komendy Głównej Armii Krajowej w referacie «999» (znanym pod kryptonimem „Korweta”), do którego należało m.in. gromadzenie danych o działalności organizacji komunistycznych (pod kierunkiem grafika prof. Stanisława Ostoi-Chrostowskiego i kolegi – historyka sztuki prof. Michała Walickiego). Na potrzeby działalności konspiracyjnej udostępniał swe mieszkanie w Warszawie przy ul. Nowogrodzkiej 44 m. 3, a następnie w Milanówku (w 1944 r.).
Po wojnie Sienkiewicz wznowił pracę w warszawskim Muzeum Narodowym, kontynuując ją do aresztowania w przez władze ówczesnego reżimu komunistycznego w 1949 roku. W tym okresie m.in. pracował (wespół z Juliuszem Gomulickim i Zofią Rothertową) nad twórczością plastyczną Cypriana Norwida. Pokłosiem tych studiów była wystawa prac Norwida opatrzona katalogiem i opracowanie pt. „Norwid – malarz” (w pracy zbiorowej Pamięci Cypriana Norwida, 1946). Aresztowany w 1949 roku przez władze reżimu komunistycznego, wraz m.in. z prof. Michałem Walickim, skazany został na cztery lata więzienia pod zarzutem rzekomej kolaboracji z okupantem niemieckim.