Francuzi ubiegli jednak Austriaków; po wkroczeniu do Wenecji splądrowali Arsenał wywożąc z niego broń i artylerię do Francji.
Pierwsza okupacja austriacka (18 stycznia 1798 – 19 stycznia 1806) W styczniu 1798 roku wojska austriackie wkroczyły do Wenecji. Uszkodzone przez Francuzów okręty zostały naprawiane przez Austriaków, wznowiła też działalność stocznia.
Druga okupacja francuska (20 stycznia 1806 – 18 kwietnia 1814) Lata od roku 1806 do 1814 to okres ponownego panowania Francuzów. Napoleon powrócił do Wenecji wykorzystując Arsenał jako bazę marynarki floty cesarskiej operującej na Adriatyku. Zainicjowano modernizację Arsenału pod kątem francuskiego systemu stoczniowego. Rozebrano kilka zadaszonych hal i wyznaczono cztery miejsca pod budowę jednostek. Otwarto nowy tor wodny w kierunku San Pietro di Castello.
Szósty etap rozbudowy W 1810 zrealizowano szósty etap rozbudowy Arsenału przyłączając do niego cały zespół klasztoru Celestia. Na wschód od Najnowszego Arsenału zbudowano wieżę Porta Nuova.