W końcu maja 1942 roku do Lasek dotarła informacja o planowanym aresztowaniu zakonnic pochodzenia żydowskiego. Zofia Steinberg wyjechała do powiatu miechowskiego. Przebywała początkowo u przyjaciół w Kraszewie (Irena i Mieczysława Kraszewscy, którzy ukrywali również prof. Laurę Kaufman), a następnie w Falniowie, u swojej koleżanki z czasów studenckich, Salomei Kozłowskiej). Ukrywała się też w Krakowie, opiekując się chorą ciotką Salomei i ucząc religii Anielkę Budkównę. Przebywała w klasztorach Karmelitanek Dzieciątka Jezus w Czernej i Karmelitanek Bosych we Lwowie. W sierpniu 1944 roku włączyła się do działalności zakładu w Żułowie – zajęła się leczeniem chorych oraz załatwiała sprawy formalne w urzędach Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego, w którym miała dobrych znajomych z przedwojennego PPS (wśród nich Edward Osóbka-Morawski i Stanisław Szwalbe).
Okres powojenny W powojennej służbie zdrowia została zatrudniona w 1954 roku jako lekarz w zakładzie dla niewidomych w Laskach (mieszkała w Laskach od 1950). Od listopada 1957 wspólnie ze Zdzisławem Jaroszewskim organizowała rekolekcje dla lekarzy psychiatrów (w części z nich uczestniczyli, m.in. ks. Karol Wojtyła, Piotr Rostworowski i Stefan Swieżawski).