Mimo dużej popularności, poglądy E. Haeckela spotykały się też z zarzutami rzetelnych naukowców z dziedzin pokrewnych. Należeli do nich m.in. Rudolf Virchow – nauczyciel Haeckela, lekarz, biolog i politykZnane są zwłaszcza polemiki między R. Virchowem, uczonym o ustalonej już reputacji, a „rewolucyjnym” nowatorstwem jego ucznia E. Haeckela, jak również dwie atakujące się wzajemnie publikacje tych uczonych na temat odpowiedzialności w nauce z jednej strony i wolności nauki ze strony drugiej. oraz biolog Eberhard Dennert. Krytyce zostały podane: „Łańcuch rodowy” człowieka, zawierający szczegółowy, lecz urojony opis małpy z wymyślonym rysunkiem ludzkiego przodkaE. Dennert, „Niech się stanie!” obraz stworzenia, Księgarnia św. Wojciecha, Poznań 1907, s. 48–51.. Miało to być „brakujące ogniwo” między małpą a człowiekiem – małpolud, który nie mówił, co dla Haeckela było charakterystyczne, bowiem uważał, że człowieka od małpy odróżnia głównie umiejętność mówienia. Monera – było to inne „brakujące ogniwo”, które wymyślił uczony, dotyczyło przejścia od materii nieożywionej do ożywionej. Zostało ono nazwane przez niego Monerami (łac. l. poj. – Moneron, l. mn. – Monera), które stanowiły rzekomo jednolitą bezkształtną materię, bez jakichkolwiek organów, wykazującą oznaki życia.