W 1806 r. na miejscu cerkwi św. Mikołaja z fundacji Ioana i Feodora, synów protojereja Constantina Macărescu wzniesiono nową świątynię. Sześć lat później, gdy wskutek kolejnej wojny rosyjsko-tureckiej Besarabia została wcielona do Imperium Rosyjskiego, właśnie w nowej cerkwi Świętych Archaniołów Gabriela i Michała mieszkańcy Kiszyniowa złożyli carowi Aleksandrowi I przysięgę wiernopoddańczą. Cerkiew otrzymała status soboru katedralnego nowo powołanej eparchii kiszyniowskiej i pozostawała nim do wzniesienia i wyświęcenia nowego soboru Narodzenia Pańskiego w Kiszyniowie, konsekrowanego w 1836 r. W 1818 r. w soborze gościł car Aleksander I podczas oficjalnej wizyty w Besarabii. Do soboru uczęszczali przebywający w mieście rosyjscy wojskowi i urzędnicy, wśród spowiadających się w 1822 r. odnotowano Aleksandra Puszkina. Po oddaniu do użytku liturgicznego nowego soboru katedralnego cerkiew Świętych Archaniołów nazywano potocznie Starym Soborem.