W tym czasie ukończono restrukturyzację organizacyjną polegająca na utworzeniu PKP S.A. i wydzieleniu spółek kolejowych, rozpoczęto porządkowanie spraw finansowych i majątkowych oraz kontynuowano redukcję zatrudnienia. Utworzono Fundusz Własności Pracowniczej oraz przekazano samorządom spółkę Przewozy Regionalne.
Jednym z elementów reformy było wyłączenie ze struktur PKP wszystkich kolei wąskotorowych przy utworzeniu możliwości przekazania ich jednostkom samorządu lokalnego. Mimo przejęcia niektórych linii przez gminy lub powiaty na wielu liniach doszło do całkowitego wstrzymania przewozów i w konsekwencji do ich postępującej dewastacji w następnych latach.
1 maja 2005 utworzony został PKP S.A. Oddział Dworce Kolejowe, którego zadaniem było utrzymanie odpowiednich standardów dla podróżnych oraz osób korzystających z dworców kolejowych.
W 2005 Najwyższa Izba Kontroli w przeprowadzonej kontroli negatywnie oceniła gospodarowanie majątkiem przez PKP, wskazując na liczne zaniedbania i utrzymywanie wielu zbędnych nieruchomości bez ich zagospodarowania czy zabezpieczenia, co doprowadziło je do ruiny.