Po torturach, 26 listopada 1949 został skazany w trybie doraźnym, przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Lublinie, któremu przewodził sędzia Bolesław Kardasz, na czterokrotną karę śmierci za przynależność do oddziałów „Uskoka”, „Strzały” (st. sierż. Walentego Waśkowicza), „Żelaznego” (ppor. Edwarda Taraszkiewicza) i posiadanie broni. W sentencji wyroku określony został jako: „jednostka wybitnie aspołeczna, wrogo ustosunkowana do obecnego ustroju” i w konkluzji „jako taka jednostka winien być wyeliminowany raz na zawsze ze społeczeństwa”. Na mocy prawa łaski wyrok zamieniono na długoletnie więzienie. Karę odbywał w więzieniach podległych Urzędowi Bezpieczeństwa Publicznego na Zamku Lubelskim, w Rawiczu, Wronkach i kamieniołomach w Strzelcach Opolskich. Zwolniony został 10 grudnia 1956 roku.
Po wyjściu z więzienia bezpieka inwigilowała Wacława Szaconia, a autorem donosów był m.in. TW o ps. „Tadeusz” – malarz Tadeusz Stanaszek. Szacoń wspierał ukrywającego się Józefa Franczaka aż do jego śmierci.
Wraz z Józefem Herzogiem uczestniczył w odnowie wawelskiej krypty Józefa Piłsudskiego wykonując metalowe zdobienia. Jest też autorem krzyża obrony Lwowa na cmentarzu Rakowickim, płaskorzeźby popiersia gen. bryg.