Równocześnie od początku książka wzbudzała kontrowersje. W ocenie części teologów zawarte w niej wskazówki dotyczące pracy nad życiem duchowym i praktykowaniem modlitwy mają powierzchowny, czy wręcz szkodliwy charakter, sprzeczny z zaleceniami ojców pustyni i kontynuującymi ich nauczanie XIX-wiecznych ascetów prawosławnych, m.in. biskupa Ignacego (Brianczaninowa). Teofan Pustelnik, pracując nad drugą wersją książki, usunął z niej kilka fragmentów, które w jego ocenie mogłyby doprowadzić bezkrytycznego naśladowcę tytułowego pielgrzyma do duchowego złudzenia (cerk. prelest). Sam Ignacy Brianczaninow skrytykował pierwszą wersję książki, ponieważ dostrzegł w niej braki teologiczne i napisał, iż Modlitwa Jezusowa w niej przedstawiona, może być odebrana jako „łatwa droga zbawienia”, z pominięciem pokuty i przynosząca duchowe rezultaty „w ciągu paru tygodni”. Zaznaczył jednak zarazem, iż istotne było kilkuletnie przygotowanie i doświadczenie tytułowego pielgrzyma oraz posiadanie przez niego ojca duchowegoOn the Prayer of Jesus. From the ascetic essays of Bishop Ignatius Branchaninov, translated by Father Lazarus, forevord by Bishop Kallistos Ware, Boston&London 2005, p. XXX..