Ołtarz główny pochodzi z 1676 roku.
Kaplice po prawej stronie W pierwszej kaplicy po prawej stronie znajduje się Chrzest Chrystusa, a na ścianach bocznych – sceny z życia św. Jana Chrzciciela, pędzla Giovanniego Battisty Naldiniego. W trzeciej kaplicy (Cappella Della Rovere) znajdują się freski Danielego da Volterry i jego pomocników, na ścianie czołowej – obraz Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny Volterry, a na ścianach bocznych – obrazy: Ofiarowanie w świątyni i Rzeź niewiniątek Michelego Albertiego. Kaplicę czwartą (Cappella Orsini) zdobią freski przedstawiające Mękę Pańską, namalowane przez Parisa Nogariego, a szóstą – freski szkoły umbryjskiej.
Kaplice po lewej stronie Pierwszą kaplicę po lewej stronie pokrywają freski Męki Pańskiej Cesarego Nebbii. W kaplicy drugiej znajduje się obraz Zdjęcie z krzyża i fresk w stylu manierystycznym, dzieło Danielego da Volterry, ucznia Michała Anioła, który po śmierci swego mistrza otrzymał pseudonim „braghettone” („spodniarz”) po tym, jak został oskarżony o zamalowanie spodniami scen nagości na Sądzie Ostatecznym w Kaplicy Sykstyńskiej. Dekorowanie piątej kaplicy (Cappella Massimo) rozpoczął w 1537 roku Perino del Vaga, a ukończyli w latach 1563–1589 bracia Taddeo i Federico Zuccaro (Ojciec Przedwieczny z martwym Chrystusem, Wniebowzięcie oraz August i Sybilla).