2 maja 1808 wybuchło ludowe powstanie przeciwko francuskim najeźdźcom, następnie Ferdynand VII abdykował na rzecz Napoleona, a ten na rzecz swojego brata Józefa. Ludwik Maria jako kardynał i arcybiskup Toledo był zmuszony złożyć przysięgę wierności Józefowi I. W kraju zawiązały się prowincjonalne junty, które zajęły się organizacją oporu. W lipcu 1808 Hiszpanie wygrali bitwę pod Bailén, a w sierpniu odbili Madryt.
We wrześniu 1808 powstała Junta Central Suprema pod przywództwem hrabiego Floridablanki. W 1809 Napoleon ponownie zajął cały półwysep, oprócz Kadyksu, chronionego przez angielską i hiszpańską flotę. Ludwik Maria i jego siostra uciekli z Toledo do Andaluzji, gdzie działała Junta. Kardynał brał czynny udział w działaniach obozu liberalnego.
Kardynał sankcjonował dekret powołujący zgromadzenie nowych Kortezów w Kadyksie, we wrześniu 1810. Ludwik Maria celebrował mszę w kościele św. Piotra i Pawła oraz odebrał przysięgę lojalności deputowanych. Kortezy wcieliły w życie wiele idei liberalnych, między innymi kardynał podpisał dekret o zniesieniu Inkwizycji. W 1812 Kortezy uchwaliły pierwszą hiszpańską konstytucję.