Fabuła Fabuła Superhot opiera się na transferze świadomości ludzkiej do gry i podzielona jest na kilka poziomów. Gracz wciela się w siedzącą przy interfejsie systemu DOS postać, która otrzymuje wiadomość od znajomego, proponującego zagranie w nową grę, superhot.exe, twierdząc przy tym, że jedyną drogą dostępu jest użycie cracka. Po uruchomieniu wirtualnej gry, przez kilka poziomów gracz walczy z wrogami, po czym gra wyłącza się. Wtedy wirtualny znajomy informuje o poprawce do gry i wysyła poprawkę do pliku .exe.
W trakcie gry okazuje się, że obecność gracza jest kontrolowana przez osobę odpowiedzialną za jej kod: wiadomości gracza wysyłane do wirtualnego znajomego są przeinaczane przed ich wysłaniem, a system nie zwraca się do gracza osobiście, lecz udowadnia, że jest on jednostką będącą częścią Superhot. System ostrzega gracza, że jest on nieświadomy konsekwencji swoich działań i zmusza go aby obiecał, że nigdy więcej nie zagra. Wówczas system prowadzi gracza do jego postaci – figury człowieka, noszącego okulary VR – i nakazuje mu uderzyć jego własną postać w głowę. Wówczas „gra” ponownie wyłącza się, a gracz w oknie czatu skarży się na ból głowy.