Cobb pozostał na tym stanowisku do zwycięstwa Lincolna w wyborach 1860, kiedy to zrezygnował z funkcji (8 grudnia). Po ustąpieniu wrócił do Georgii i został zagorzałym rzecznikiem secesji. Był współtwórcą Skonfederowanych Stanów Ameryki, przewodniczył obradom zjazdu stanów południowych na którym uchwalone zostały Tymczasowa Konstytucja Skonfederowanych Stanów Ameryki i Konstytucja CSA, po wybuchu wojny secesyjnej zorganizował własny pułk i dowodził nim na froncie. Uzyskał stopień generała majora i dowodził Dystryktem Georgii, zanim pod koniec wojny został zmuszony do poddania się.

W sprawie zamierzonego poboru niewolników do sił zbrojnych KonfederacjiMarch 13, 1865 – The Confederacy Approves Recruitment of Black Soldiers napisał do sekretarza wojny Jamesa Seddona "jeśli niewolnicy okażą się dobrymi żołnierzami cała nasza teoria niewolnictwa jest błędna"(If slaves make good soldiers our whole theory of slavery is wrong)Too Little, Too Late: The Confederacy Approves Black Recruitment.

Jakkolwiek pochodził z rodziny i okolicy protestanckiej, występował w obronie praw katolików.