Ponad pokładami solnymi formacji Salado, przecinanej warstwami gliny, anhydrytu i potażu, znajduje się formacja Rustler, a ponad nią (bliżej gruntu) – warstwa wodonośnych dolomitów Culebra. Poniżej, na głębokości 900–1000 metrów, zidentyfikowano formację Castile z anhydrytu z kieszeniami solanki.
Formacje solne zostały wybrane jako nadające się do długotrwałego składowania przez Narodową Akademię Nauk w latach 50. Znajdują się one zwykle na obszarach stabilnych sejsmicznie. Cechują się łatwością w drążeniu i brakiem źródeł wód głębinowych, które mogłyby wymyć substancje promieniotwórcze oraz mają tendencję do samouszczelniania się.
Złoże w którym powstało WIPP ma ok. 600 metrów grubości i zaczyna się ok. 260 metrów pod powierzchnią. Główna przestrzeń składowania podzielona jest na 8 tzw. paneli, odchodzących na prawo i lewo od głównej osi składowiska. Każdy panel składa się z 7 komór, każda o wymiarach 90 m dł. × 10 m szer. × 4 m wysokości.